Wie schon im Abschnitt über die Altäre>> angesprochen, entwickelte sich im Spätmittelalter die Praxis, dass in großen Kirchen an mehreren Stellen die Heilige Messe gefeiert wurde. Dafür wurden Seitenkapellen und Seitenaltäre eingerichtet. Sie waren meist besonderen Bevölkerungsgruppen, vor allem den Handwerkszünften, zugedacht, die dort jene Heiligen, die ihre jeweiligen Schutzpatrone sind, verehrten. Meist war eine der Kapellen zur Verehrung Marias, der Mutter Jesu, bestimmt. In der Marienkirche war dies die östlichste Kapelle gegenüber der Astronomischen Uhr. Nachdem sich die Reformation im 16. Jhdt. von der anbetenden Verehrung der Heiligen abwandte, wurden die Seitenaltäre aufgegeben.

Beisetzungen fanden üblicherweise immer auf dem die Kirche umgebenden Friedhof statt. Geistliche und weltliche Würdenträger ließen sich aber aus verschiedenen Gründen auch in Kirchen bestatten. Mit dem “Freiwerden” der Seitenkapellen nach der Reformation wurden diese zunehmend als Grabkapellen vermögender Bürger umgestaltet. Die Marienkirche zeigt heute eine Vielzahl von Grabmalen, von der schlicht numerierten Steinplatte im Fußboden über die verzierte Grabplatte bis hin zu Epitaphen - kunstvollen Gedenktafeln an den Wänden oberhalb der Grabstelle - sowie eine Grabstätte mit oberirdischen Sarkophagen.

In drei der Seitenkapellen der Marienkirche sind heute noch Einbauten zu sehen, die mit der Nutzung als Grabstätte bzw. Gruft zu tun haben. Die erste ist die Meerheimbsche Kapelle (im Plan Nr. 17), an der Ecke zwischen Südquerhaus und südöstlichem Seitenschiff - vom Eingang her also die rechte Ecke - gelegen. Sie wurde 1820 im klassizistischen Stil gestaltet. Die Anklänge an die Antike finden sich nicht nur in der hölzernen Schaufront, sondern auch im an der Ecke stehenden Obelisken, der von Sphinxen getragen wird.
Das Erbbegräbnis der Familie von Heinen befindet sich an der südwestlichen Ecke des Südschiffes (im Plan Nr. 15), gegenüber dem Eingang zur Kanzel. Diese Kapelle enthält als letzte noch drei Sandsteinsarkophage, die anderen Sarkophage wurden auf die ab dem 19. Jahrhundert entstehenden. Albrecht Christopher von Heinens Tätigkeit als Offizier des norwegischen Heeres erklärt die militärischen Insignien. Mit Skelett, Stundenglas und Sense sind in der Mitte außerdem die bekanntesten Symbole der Vergänglichkeit dargestellt.
Westlich davon (im Plan Nr. 14 ) liegt die frühere Schusterkapelle, die später zur Begräbnisstätte des Rostocker Zweigs der Schriftstellerfamilie Mann wurde. August Friedrich Mann stiftete 1896 die Glasfenster der Kapelle.
An vielen Pfeilern der Kirche hängen Epitaphe, teilweise kunstvoll verzierte Grabtafeln. Sie stammen überwiegend aus dem 17. Jahrhundert.
Im Fußboden finden sich immer wieder aufwändig verzierte Grabplatten. Die erforderlichen Steine kamen oft als Ballastmaterial der Hanseschiffe aus Skandinavien nach Rostock. Durch die Kirchenbesucher werden die Steine und ihre Verzierungen mit der Zeit abgerieben - ebenfalls eine Mahnung an die Vergänglichkeit.

Die südlichste Chorkapelle (im Plan Nr. 9) ist als “Gedächtniskapelle” dem Gedenken an die Opfer der Kriege gewidmet. Man findet dort ein Buch mit den Namen von Gefallenen, eine große Christusstatue aus den 30er-Jahren und zwei Gemälde von Egon Tschirch (1889-1948), von denen eines die aus der Trümmerwüste der Luftangriffe von 1942 herausragende Marienkirche zeigt. Das Glasfenster von 1896 zeigt die Auferstehung Christi.

Die Brökerkapelle (im Plan Nr. 2) ist heute als kleiner Andachtsraum gestaltet. Dort kann innegehalten werden, und kleine Kerzen stehen zum Entzünden bereitet. In der rechten Ecke der Kapelle hängt eine Marienstatue aus dem 17. Jahrhundert, eine sogenannte “Mondsichelmadonna”.

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